Durante la permamenza a Roma negli anni del Concilio, tra il 1963 e il 1964, fu al centro della scena pubblica per le posizioni assunte sull’obiezione di coscienza. In un’intervista pubblicata il 13 gennaio 1963 su Il Giornale del Mattino aveva sostenuto – criticando la sentenza di condanna di Giuseppe Gozzini per aver rifiuato di indossare la divisa militare in coerenza con la sua fede, egli fu il primo obiettore cattolico in Italia – che occorresse ridimensionare il concetto di patria e che in alcuni casi si avesse il dovere di disobbedire. Fu così denunciato alla procura della Repubblica e al contempo vennero presentati un esposto al provinciale degli scolopi e un’accusa al Santo Uffizio. Si aprì un processo contro di lui che si concluse, dopo l’assoluzione in primo grado, con una sentenza definitiva di condanna della Cassazione nel giugno 1964. La sentenza, che entrava nel merito di motivazioni di tipo religioso imputando allo scolopio un difetto di ortodossia, suscitò proteste e attestazioni di solidarietà nei suoi confronti. Non vi furono critiche alle sue posizioni da parte del pontefice.